Những đề tài nghiên cứu của Bộ môn đã và đang tiến hành:
1. Đề tài:"Nghiên cứu áp dụng và xây dựng những kỹ thuật cơ bản về mô học và hoá mô". Đề tài đã giúp cho Bộ môn có được kỹ thuật sản xuất 120 bộ tiêu bản huấn luyện cho dài hạn và cao học, giúp xây dựng những kỹ thuật cơ bản tiến hành đựoc những đề tài nghiên cứu sau này. Đề tài tiến hành từ những năm đầu thành lập Bộ môn cho đến mãi tận ngày nay vẫn tiếp tục. Đây là đề tài mất nhiều công sức, thời gian nhất, qua đó Bộ môn tự khẳng định lại mình có thể độc lập đảm bảo tốt nhiệm vụ đào tạo ở bậc Đại học và Sau Đại học đồng thời có thể nghiên cứu khoa học tốt.
2. Đề tài: "Nghiên cứu ảnh hưởng của 2,4D và 2, 4, 5T đến cấu trúc một số cơ quan và sự phát triển của phôi". Đề tài kéo dài suốt 4 năm trong thời kỳ chống Mỹ (1970 - 1974). Ban ngày cán bộ đi đến nơi sơ tán, ban đêm lại trở về Bộ môn để triển khai công việc nghiên cứu. Một đề tài cấp bách do Học viện và Uỷ ban tố cáo tội ác chiến tranh giao phó. Nó đã góp phần đánh giá ảnh hưởng của chất độc hoá học Mỹ sử dụng trong chiến tranh Việt Nam, góp phần tố cáo tội ác chiến tranh của Mỹ tại Việt nam trong Hội nghị Quốc tế về tội ác chiến tranh của Mỹ.
3. Đề tài:" Nghiên cứu ảnh hưởng của tia xạ đến cấu trúc một số cơ quan, tìm kiếm một số thảo dược Việt Nam có khả năng hạn chế tác hại của tia xạ". Đề tài tiến hành trên ý tưởng xây dựng nền y học quân sự đủ đáp ứng được nhiệm vụ quân đội trong chiến tranh hiện đại (chiến tranh N, B, C). Đề tài đã góp phần đánh giá tác hại tia xạ và tìm một số sản phấm sinh học có tác dụng hạn chế tác hại tia xạ (đậu xanh, chế phẩm chè xanh, bèo dâu). Đề tài đã sản xuất hàng vạn viên thuốc hạn chế tác dụng của tia xạ từ nguồn thảo dược Việt Nam gửi sang Liên Xô giúp những nạn nhân vùng Trecnobưn.
4. Đề tài: " Nghiên cứu, chế tạo, bảo quản và sử dụng mô ghép". Đề tài được tiến hành tại Bộ môn trong suốt 4 năm sau đó được chuyển giao cho Trung tâm Mô ghép. Bước đầu đã chứng minh đựơc khả năng sản xuất mô ghép và áp dụng vào lâm sàng là hiện thực.
5. Đề tài:"Nghiên cứu một số vị thuốc cổ truyền có tác dụng hỗ trợ điều trị ung thư thực nghiệm và lâm sàng (1991 - 1995)". Đề tài cấp nhà nước KY 0209. Đề tài nghiệm thu loại khá, đã giữ, được giống tế bào ung thư tạo được mô hình ung thư chuẩn. Thử nghiệm và tìm kiếm một số cây thuốc có tác dụng hạn chế phát triển khối u trên thực nghiệm và trên lâm sàng. Đặc biệt là thuốc K4 hay Phylamin có tác dụng hạn chế phát triển ung thư, bước đầu áp dụng điều trị trên lâm sàng tại Bệnh viện 103, Viện Hai Bà Trưng, Viện Lão khoa và một số Bệnh viện khác có kết quả tốt. Thuốc đã được kiểm nghiệm, được Bộ Y tế cho phép lưu hành toàn quốc theo quyết định số 496 BYT/QĐ ngày 29/5/1993.
6. Đề tài:"Nghiên cứu tác dụng hỗ trợ, dự phòng và điều trị ung thư, bài thuốc phối hợp phylamin và dịch chiết từ cây K10 (1996 - 1998) "cấp Bộ Quốc Phòng Nhà nước hỗ trợ kinh phí. Đây là đề tài tiếp tục nghiên cứu phylamin trên các bệnh nhân xơ gan (dự phòng ung thư gan) trên hơn 200 bệnh nhân ung thư khác nhau để đánh giá tác dụng của thuốc dài hơn. Đề tài đã góp phần cung cấp một loại thuốc dân tộc có giá trị không kém một số loại thuốc điều trị ung thư của nước ngoài với giá thành rẻ hơn rất nhiều, phù hợp với hoàn cảnh kinh tế của bệnh nhân trong nước góp phần điều trị hàng ngàn bệnh nhân trong cả nước kéo dài tuổi thọ.
Thuốc đã sản xuất:
Năm 1995: 355.080 viên
Năm1996 : 320.800 viên
Năm 1997: 422.960 viên
Các năm tiếp theo mỗi năm khoảng 500.000 viên.
Thuốc được cấp bằng độc quyền sáng chế số 417/QĐSC ngày 30/04/1994.
7. Đề tài:"Nghiên cứu nuôi cấy Keratinocyte và sử dụng sản phẩm nuôi cấy trong lâm sàng". Đề tài cấp Nhà nước đã được tiến hành và đạt kết quả ban đầu rất khả quan, đã được áp dụng vào lâm sàng trong những năm qua.
8. Đề tài: "Nghiên cứu khả năng hạn chế phát triển ung thư của phycoxyanin". Đề tài cấp Nhà nước nghiệm thu đạt loại khá.
9. Đề tài:"Nghiên cứu một số vấn đề liên quan đến sinh sản ở nam giới". Đề tài nhánh cấp Nhà nước (1998 - 2000) nghiệm thu xuất sắc, kết quả của đề tài nhận thấy tỷ lệ vô sinh chiếm khoảng 3 - 5%. Đặc biệt một số yếu tố có thể ảnh hưởng đến chất lượng, số lượng tinh trùng. Trên cơ sở đó đề xuất các giải pháp khắc phục, trong đó có giải pháp lọc rửa tinh trùng, để lựa chọn tinh trùng có chất lượng cao hơn. Trên cơ sở kết quả cao của nghiên cứu, Nhà nước xây dựng Trung tâm công nghệ phôi. Đến nay Trung tâm công nghệ phôi được xây dựng với tổng diện tích gần 100m2 có đầy đủ trang thiết bị hiện đại, đáp ứng một phần nào khám, tư vấn, điều trị vô sinh bằng các kỹ thuật hiện đại thụ tinh trong ống nghiệm.
10. Ngoài ra Bộ môn còn tiến hành nhiều đề tài phối hợp với các cơ quan, Trường, Viện nghiên cứu bên ngoài như:
- "Nghiên cứu tìm kiếm bài thuốc, cây thuốc có khả năng phòng chống sốt rét" phối hợp với Đại học y khoa Bắc thái.
- "Nghiên cứu khả năng sử dụng một số chế phẩm y sinh học". Sản phẩm của Trung tâm chế tạo bảo quản mô Thành Phố Hồ Chí Minh.
- "Nghiên cứu khả năng hạn chế ung thư của một số chế phẩm sinh học". Sản phẩm của Viện Dược liệu và Trường Đại học quốc gia.
Giúp những kỹ thuật làm tiêu bản mô và hoá mô cho nhiều nghiên cứu sinh và những đề tài của tập thể Bộ môn, các Nhà trường và Học viện đạt chất lượng cao.
11. Đề tài:"Nghiên cứu ảnh hưởng của sóng siêu cao tần đén sức khoẻ sinh sản của bộ đội rada, đề xuất giải pháp khắc phục". Đề tài cấp Bộ Quốc Phòng giai đoạn 2005 – 2006. Đề tài đã nghiệm thu đạt mức khá.
12. Đề tài:"Nghiên cứu ghép tiểu đảo tuỵ phục vụ điều trị một số bệnh lý về tuỵ". Đề tài cấp Bộ Quốc Phòng giai đoạn 2005 -2006. Đề tài đã nghiệm thu xuất sắc
13. Đề tài:"Nghiên cứu áp dụng phương pháp PDT để chẩn đoán và điều trị ung thư sớm". Đề tài cấp Bộ Quốc Phòng giai đoạn 2005 - 2006. Đề tài đã nghiệm thu đạt mức khá.
14. Đề tài cấp Bộ “Nghiên cứu nuôi cấy tinh tử phục vụ chẩn đoán, điều trị phục vụ sức khỏe bộ đội và nhân dân” (2007 - 2009). Đã bước đầu thành công nuôi cấy tế bào tinh tử, mang lại hạnh phúc cho nhiều gia đình hiếm muộn. Công trình nghiên cứu này được bình chọn là một trong 10 công trình khoa học tiêu biểu năm 2008.
15. Đề tài cấp Nhà nước “Nghiên cứu qui trình nuôi cấy, biệt hoá tế bào gốc sinh tinh để điều trị vô sinh nam giới” đề tài cấp Nhà nước (2009 - 2011). Đã bước đầu thành công nuôi cấy tế bào dòng tinh từ mào tinh hoàn và tế bào gốc sinh tinh từ ống sinh tinh tinh thành tinh trùng. Đây là một công trình nghiên cứu có tính khoa học và tính thực tiễn, tính nhân văn cao mở ra hướng điều trị vô sinh nam đầy triển vọng, đáp ứng nhu cầu xã hội. Đề tài đã được giải thưởng VIFOTEC tháng 3 năm 2013 và đã được Cục sở hữu trí tuệ quyết định cấp độc quyền sáng chế về qui trình phân lập tế bào dòng tinh từ ống sinh tinh của các bệnh nhân không có tinh trùng trong tinh dịch năm 2014.
16. Đề tài cấp Nhà nước: Nghiên cứu quy trình chẩn đoán một số bệnh di truyền trước chuyển phôi để sàng lọc phôi thụ tinh trong ống nghiệm. (2013-2015). Trong nội dung thực hiện đề tài này, Lãnh đạo Chỉ huy Trung tâm cố gắng hoàn thiện tốt nhiệm vụ, trên cơ sở nghiên cứu khoa học là việc đào tạo cán bộ, xây dựng kỹ thuật PGD đầu tiên tại Việt nam, tạo mũi nhọn của Trung tâm ứng dụng vào thực tiễn trong những năm tiếp theo. Đề tài đã được nghiệm thu xuất sắc năm 2015. Đề tài có ý nghĩa khoa học và nhân văn sâu sắc, tạo cơ hội cho những cặp vợ chồng cùng mang gen bệnh Teo cơ tủy và tan máu bẩm sinh có cơ hội sinh con khỏe mạnh. Tới thời điểm hiện nay đã được 20 gia đình thành công, đây là hạnh phúc vô bờ bến khi họ sinh được con khỏe mạnh nhờ áp dụng kết quả của đề tài. Đề tài đã được chấp nhận đơn cấp bằng độc quyền sáng chế, được nhận giải Nhì giải Vifotec năm 2016. Đặt biệt được Thủ tướng trao tặng chứng nhận công bố trong sách vàng Việt nam và Bằng khen của Thủ tướng Chính phủ 2017.
17. Đề tài cấp thành phố: Ứng dụng qui trình kỹ thuật micro TESE để thu tinh trùng từ tinh hoàn bệnh nhân vô tinh không do tắc tại Hà Nội. Đề tài được thực hiện từ 8/2017 đến 7/2019. Đây là đề tài có ý nghĩa nhân văn cao cả, với mục tiêu ứng dụng thành công một phương pháp thu tinh trùng hiệu quả và hiện đại nhất đối với các bệnh nhân vô tinh không do tắc, giúp các ông bố có con của chính mình.