Học viện Quân y là đơn vị trực thuộc Bộ Quốc phòng, được thành lập ngày 10/3/1949. Trải qua gần 75 năm xây dựng và trưởng thành, Học viện đã phát triển qua các giai đoạn: Trường Quân y sĩ Việt Nam (1949 - 1957), Trường Sĩ quan Quân y (1957 - 1962), Viện Nghiên cứu Y học quân sự (1962 - 1966), Trường Đại học Quân y (1966 - 1981), Học viện Quân y (từ năm 1981 - nay). Từ cơ sở đơn sơ, nhỏ bé ban đầu, ngày nay Học viện trở thành một trong những trung tâm y học hàng đầu của Quân đội, một trong những trung tâm khoa học lớn của cả nước thực hiện các nhiệm vụ:  đào tạo cán bộ, nhân viên ngành y, dược có trình độ từ sơ cấp đến đại học và sau đại học; nghiên cứu khoa học và điều trị.

Hiện nay, Học viện có 2 bệnh viện thực hành là BVQY 103 và Bệnh viện Bỏng Quốc gia; 11 phòng, ban trực thuộc; 22 bộ môn y học cơ sở, y học quân sự, khoa học cơ bản, khoa học xã hội và nhân văn; 34 bộ môn, khoa y học lâm sàng và cận lâm sàng; 7 trung tâm và 5 hệ quản lý học viên.

Học viện Quân y có Trên 70 % cán bộ, giảng viên của Học viện đạt trình độ sau đại học, trong đó có 07 giáo sư, 106 phó giáo sư, 116 tiến sĩ; 461 thạc sĩ, 64 BS.CK cấp II, 55 BS.CK cấp I; 5 Nhà giáo được tặng Danh hiệu Nhà giáo Nhân dân; 03 Thầy thuốc được tặng Danh hiệu Thầy thuốc Nhân dân; 29 Nhà giáo được tặng Danh hiệu Nhà giáo Ưu tú; 64 thầy thuốc được tặng Danh hiệu Thầy thuốc Ưu tú; 10 chuyên viên đầu ngành. Đã đào tạo được gần 90 nghìn cán bộ, nhân viên y tế, gồm: hơn 900 tiến sỹ; hơn 8000 thạc sỹ, bác sỹ chuyên khoa I, II và bác sỹ nội trú; hơn 25 nghìn bác sỹ đa khoa, dược sỹ đại học, cử nhân cao đẳng điều dưỡng, cử nhân cao đẳng kỹ thuật y học, sỹ quan dự bị y dược và trên 55 nghìn nhân viên y dược ( trong đó có cả đào tạo lực lương y tế cho các vùng sâu vùng xa và các nước bạn Lào. Campuchia). Đã hoàn thành trên 900 đề tài khoa học và trên 200 sáng kiến cải tiến kỹ thuật từ cấp cơ sở đến cấp nhà nước; nhiều công trình khoa học được tặng thưởng như: Giải thưởng Hồ Chí Minh, giải thưởng VIFOTEC và giải thưởng WIPO. Từ năm 1996 đến nay liên tục được bộ giáo dục và đào tạo tặng bằng khen về thành tích xuất sắc trong phong trào sinh viên nghiên cứu khoa học.

Với 2 bệnh viện thực hành và trung tâm công nghệ phôi, HVQY trở thành một trong những cơ sở thu dung điều trị nhiều thương bệnh binh và người bệnh lớn trong cả nước. Hiện nay, trung bình hàng năm, các sơ sở điều trị của HV khám bênh cho trên 220 nghìn lượt người, thu dung điều trị trên 30 nghìn lượt bệnh nhân và đã ứng dụng thành công nhiều kỹ thuật tiên tiến, công nghệ hiện đại vào điều trị như: Ghép thận, ghép gan, ghép tim, ghép đa tạng (tụy - thận), ghép phổi, mổ tim mở, tán sỏi ngoài cơ thể, thụ tinh trong ống nghiệm…

Hội Ghép tạng Việt Nam đã trao Bằng xác lập và biểu tượng Kỷ lục Việt Nam cho tập thể Học viện Quân y, Bệnh viện Quân y 103 và 5 cá nhân (GS.TSKH Lê Thế Trung - Ca ghép thận đầu tiên trên người từ người cho sống tại Việt Nam; GS.TS Phạm Gia Khánh - Ca ghép gan đầu tiên trên người từ người cho sống tại Việt Nam; GS.TS.BS Nguyễn Tiến Bình - Ca ghép tim đầu tiên trên người từ người cho chết não tại Việt Nam; PGS.TS.BS Hoàng Mạnh An - Ca ghép tụy - thận đầu tiên trên người từ người cho chết não tại Việt Nam; GS.TS.BS Đỗ Quyết - Ca ghép phổi đầu tiên trên người từ người cho sống tại Việt Nam) trong lĩnh vực ghép tạng kể từ năm 1992 đến năm 2017.

Với những thành tựu đã đạt được trong suốt 69 năm qua, Học viện được Đảng và Nhà nư­ớc tặng thưởng nhiều phần thưởng cao quý như: Huân chương Sao vàng, Huân ch­ương Hồ Chí Minh, Ba lần Danh hiệu Anh hùng LLVT Nhân dân, Huân chương Độc lập hạng Nhất, Huân ch­ương Quân công hạng Nhất và hơn 20 Huân chương các loại. Bệnh viện Quân y 103, Bệnh viện Bỏng Quốc gia, Trường CĐQY 1, Phân hiệu phía Nam, Bộ môn Tổ chức chỉ huy quân y, Bộ môn Giải phẫu được phong tặng danh hiệu Anh hùng lực lư­ợng vũ trang Nhân dân. 16 cá nhân từng học tập, công tác tại Học viện đ­ược phong tặng danh hiệu Anh hùng LLVT Nhân dân. Hàng ngàn lượt tập thể và cá nhân đ­ược tặng huân ch­ương các loại.