1. Nghiên cứu khoa học: được xác định là nhiệm vụ trọng tâm của VNCYDQS. Tiến hành các Nghiên cứu Y học Quân sự, Dược học Quân sự, nghiên cứu thiết bị quân y góp phần bảo đảm an ninh quốc phòng; nghiên cứu y dược học cơ sở; chủ trì và hợp tác thực hiện các đề tài dự án thuộc lĩnh vực y, dược trong và ngoài quân đội.

2. Phục vụ đào tạo, chủ yếu là đào tạo Sau đại học, học viên Sau đại học (NCS, ThS, CK2) thu thập số liệu nghiên cứu,  tiến hành các thí nghiệm, thử nghiệm về lĩnh vực y dược học cơ sở, y dược học quân sự, y dược học lâm sàng và các thử nghiệm tiền lâm sàng.

3. Phục vụ công tác khám lâm sàng, tư vấn, xét nghiệm cận lâm sàng và các xét nghiệm kỹ thuật cao cho bộ đội và nhân dân.

4. Nhận, triển khai tích cực, hiệu quả các nhiệm vụ do Ban Giám đốc Học viện giao.

5. Tiến hành việc kiểm nghiệm, xét nghiệm thuốc, thực phẩm chức năng, mỹ phẩm.

6. Đánh giá tương đương sinh học; tham gia các thử nghiệm lâm sàng; quan trắc môi trường.